依据囊壁的差异病理特征（或其余特点，譬喻发作部位）将皮肤囊肿及具有囊肿样侵害的皮肤疾病分为三大类，详细见下表。
一、囊壁为角化性鳞状上皮
1.囊壁向表皮分化
①表皮样，板层状角化
表皮囊肿（表皮样囊肿）
②表皮样，腔内有毛干
毳毛囊肿（发疹性毳毛囊肿）
③表皮样，囊壁有皮脂腺
皮样囊肿
④表皮样，有喷射状次级毛囊
毛囊瘤
2.囊壁向表皮及皮脂腺分化
脂囊瘤（多发性脂囊瘤）
3.囊壁向外毛根鞘分化
毛根鞘囊肿
4.囊壁向毛母量分化
毛母量瘤
二、囊壁呈腺样分化
1.囊壁有双层细胞构成
①外方内柱有断头
大汗腺汗囊瘤
②两层立方无断头
小汗腺汗囊瘤
2.囊壁有假复层上皮构成
①部位：阳茎腹侧
阳茎中线囊肿
②部位：颈前外侧
甲状舌骨导管囊肿
③部位：胸骨切迹上方
收气管源性囊肿
3.囊壁有纤毛柱状上皮构成
皮肤纤毛性囊肿
三、其余
1.无囊壁，内含黏液的囊肿样侵害
黏液样囊肿
2.具有囊肿暗示的其余皮肤肿瘤
囊性基黑幕胞癌
注：上述疾病不蕴含所有皮肤囊肿，仅为相对常见和/或重要的一些皮肤囊肿或皮肤囊肿样疾病
下面为各类疾病的临床取病理扭转的图像。
▲表皮样囊肿临床暗示
▲表皮样囊肿病理暗示：实皮伶仃性囊肿
▲毳毛囊肿病理暗示：实皮中层薄壁囊肿
▲皮样囊肿临床暗示
▲皮样囊肿病理暗示：可见复层鳞状上皮
▲毛囊瘤临床暗示
▲毛囊瘤病理暗示：可见多发继发性毛囊
▲多发性脂囊瘤临床暗示
▲多发性脂囊瘤病理暗示：鳞状上皮环绕的塌陷性空腔
▲毛根鞘囊肿临床暗示
▲毛根鞘囊肿病理暗示：均量性嗜酸性内容物，基黑幕胞层鲜亮
▲毛母量瘤临床暗示
▲毛母量瘤病理暗示：鬼映细胞搜集
▲大汗腺汗囊瘤临床暗示
▲大汗腺汗囊瘤：多房性囊肿
▲小汗腺汗囊瘤临床暗示
▲小汗腺汗囊瘤病理暗示：近立方形上皮细胞形成囊壁
▲阳茎中线囊肿临床暗示
▲阳茎中线囊肿病理暗示：由含囊液的上皮包裹
▲甲状舌骨导管囊肿临床暗示
▲甲状舌骨导管囊肿病理暗示：囊壁由高柱状上皮形成
▲收气管源性囊肿临床暗示（肩胛部）
▲收气管源性囊肿映像学暗示（箭头处）
▲收气管源性囊肿病理暗示
▲皮肤纤毛囊肿病理暗示：可见乳头状突起
▲黏液样囊肿临床暗示
▲黏液样囊肿病理暗示：假性囊肿，含有黏液
▲囊性基黑幕胞癌临床暗示
▲囊性基黑幕胞癌病理暗示：基黑幕胞癌病理特征+囊性扭转
